动物 境内原野生动物种类繁多，1958年后，由于森林、草山被过分砍伐、开垦，野生动物赖以生存的生态环境恶化，加之随意捕杀，野生动物濒临绝种。至1990年，列为国家一级保护的有懒猴(蜂猴)； 二级保护的有猕猴(黄猴)、短尾猴(红面猴)、毛冠鹿(青鹿)、麝(香獐)、穿山甲、红腹角雉(肉角鸡)、黑麂(青麂)、水獭、旱獭、大灵猫、小灵猫、斑羚、岩羊、白鹇(银鸡)、锦鸡、蟒蛇等。此外，还有兽类、鸟类、水生类、蛇类、虫类等数百种动物。 其中：懒猴(蜂猴)属于一级保护动物；黄猴、短尾猴、麝(香獐)、穿山甲、红腹角雉、斑羚、岩羊、白鹇、锦鸡、蟒、大灵猫、小灵猫、水獭等属于二级保护动物。此外，豹、狐狸、黄鼠狼、熊、画眉、鹌鹑、野鸡、猫头鹰、啄木鸟等野生动物也在保护范围内。
植物 据民国《马关县志》记载，县境内有木属35类，竹属17类，草属27类，菌属19类，花属95类，药属87类。新中国建立后，农林部门对县境植物作了详细调查，查明有1465种植物。2019年在生态环境部生物多样性调查、监测和评估项目资助下，由中国科学院昆明植物研究所税玉民研究员主导调查、主编的《云南马关县野生高等植物及植被多样性》出版，这是第一部全方位、系统性介绍马关县植物的丛书，马关县共记录有高等植物3218种，隶属282科1187属。列为国家重点保护野生植物110种，其中望天树、东龙脑香、蚬木、董棕、中华桫椤等甚至形成大面积的植物群落。国家一级保护植物有红豆杉、宽叶苏铁、华盖木、焕镛木、东京龙脑香、望天树、文山红柱兰、同色兜兰、长瓣兜兰、亨利兜兰、麻栗坡兜兰、广西火桐、毛枝五针松13种；国家二级保护植物有蛇足石杉、金毛狗蕨、大叶木莲、大叶木兰、香木莲、大果木莲、云南拟单性木兰、大叶风吹楠、狭叶坡垒、千果榄仁、金丝李、滇桐、大围山梧桐、伯乐树、喙核桃、疣鞘独蒜兰等97种。
水利 马关县属红河流域泸江水系，全县共有大小溪流7 9条，分别汇入盘龙河、小白河、响水河、大南溪河、那么果河、南北河、南江河、南浦河等8条主要河流，境内主要河流总里程1468 . 81千米，河网密度0. 55平方千米每千米，水能资源较为丰富。全县水资源总量为39. 4亿立方米，人均水资源占有量6630立方米，其中：地表水2 0 . 5亿立方米，已开发利用近14亿立方米；地下水6.2亿立方米，尚未开发利用；过境水11 . 83亿立方米，已开发利用4. 7亿立方米。有流域面积50平方公里以上河流24条，50平方公里以下重要河流22条。
目前，全县境内已建成有棉花山电站、天生桥电站，南滚电站 等水电站30座，总装机容量38.143万千瓦，占可开发总量14.27万千瓦的56.48%，全县行政村通电率达100%。110千伏变电站2座，35千伏变电站9座，110千伏 输电线路38.4公里，35千伏输电线路250公里，10千伏输电线路1377公里。
全县建有水库32个，其中中型水库5 座、小（I）型水库6座、小（Ⅱ）型水库21座及小坝塘197件等储水工程，蓄水工程总蓄水量达6777.36万立方米，年供水量11378.4万立方米，有效灌溉面积24.03万亩，耕地总面积86.73万亩，有效灌溉率27.71%。
矿产 马关县地处滇东南成矿区，矿产资源较为丰富，已初步探明的矿产种类有锌、锡、铜、铅、钨等11类47种，全县13个乡镇均有矿产资源分布，其中都龙、南捞、马白等3个乡镇矿产资源较为集中。截止2024年8月，全县矿权总面积332.3928平方公里，共发现矿产地290余处(含建筑石料用石灰岩)，其中，大型矿床2处，中型矿床3处，小型矿床33处，矿(化)点252处。此外，还富含铟、铍、镉、金、银等多种稀贵金属元素。资源潜在价值达1000亿元以上。
